À Kyushu, Suzume, 17 ans, rencontre un jeune homme à la recherche de portes. Elle suit l'étrange jeune homme jusqu'à un bâtiment délabré dans les montagnes, où ils trouvent une porte détachée. Grâce à des forces invisibles, Suzume ressent son attirance et s'approche de la porte. Bientôt, des portails inquiétants s'ouvrent dans tout le Japon et Suzume doit les fermer avant qu'il ne soit trop tard.
